Исторический факультет является одним из лидеров Алтайского университета по объему научной работы, выраженной в финансировании исследований путем получения различного рода грантов и программ, проведения научных конференций, публикаций монографий и статей.
- Актуальные проблемы международных отношений и политической истории зарубежных стран (руководители: Чернышов Ю.Г., д.и.н., профессор, Аршинцева О.А., к.и.н., доцент, Курныкин О.Ю., к.и.н., доцент)
- Анализ и прогнозирование этнокультурных, социально-экономических, гуманитарных геополитических процессов в Центрально-Азиатском регионе (руководители: Гончаров Ю.М., д.и.н., профессор, Лысенко Ю.А., д.и.н., профессор)
- Древнейшее заселение Сибири: формирование и динамика культур на территории Северной Азии (руководители: Горбунов В.В., д.и.н., профессор, Грушин С.П., д.и.н., профессор, Кирюшин Ю.Ф., д.и.н., профессор, Тишкин А.А., д.и.н., профессор)
- Историческая демография в зеркале социальной истории (руководитель: Владимиров В.Н., д.и.н., профессор)
- Историческое развитие Алтая в контексте общегосударственных и региональных процессов XVIII – начала XXI в. (руководители: Гончаров Ю.М., д.и.н., профессор, Демчик Е. В., д.и.н., профессор, Разгон В.Н., д.и.н., профессор, Скубневский В.А., д.и.н., профессор)
- Комплексные исследования древнейших, древних, средневековых и традиционных обществ Сибири (руководители: Горбунов В.В., д.и.н., профессор, Грушин С.П., д.и.н., профессор, Кирюшин Ю.Ф., д.и.н., профессор, Тишкин А.А., .д.и.н., профессор)
- Политические, экономические и социокультурные процессы в Центральной Азии и сопредельных территориях в прошлом и настоящем (руководитель: Лысенко Ю.А., д.и.н., профессор)
- Реконструкции технологических приемов и методов производств древних обществ Северной Азии (руководители: Горбунов В.В., д.и.н., профессор, Грушин С.П., д.и.н., профессор, Кирюшин Ю.Ф., д.и.н., профессор, Тишкин А.А., д.и.н., профессор)
- Экономическая и социально-культурная история Сибири XVII - начала XXI вв. (руководители: Гончаров Ю.М., д.и.н., профессор, Демчик Е. В., д.и.н., профессор, Разгон В.Н., д.и.н., профессор, Скубневский В.А., д.и.н., профессор)